Sekolah Kebangsaan Langkon, Kota Marudu diasaskan dari buah fikiran para penduduk pada tahun 1961 ekoran keperluan para pekerja ladang getah pada masa tersebut.
Pada tahun 1961, Tuan Weight ( Manager Estate Langkon ) dengan mendapat kebenaran Kerajaan British ( North Borneo ) telah mendermakan bangunan Panggung Wayang yang boleh menampung seramai 100 orang untuk dijadikan sekolah pada siang hari.
Panggung Wayang tersebut berukuran 60 x 40 kaki, beratap zink, lantai papan, bangku panjang dan tidak mempunyai dinding ( Sumbangan pihak pengurusan estate ).
Sekolah tersebut dinamakan “ Langkon Vernacular Native School ” atau "Langkon Native Voluntary School" dan mempunyai pelajar seramai 50 orang yang terdiri daripada anak-anak penoreh getah.
Angkatan pertama para pelajar SK Langkon yang Berjaya adalah terdiri daripada :-
A) Cikgu Abd. Rakah Amin ( Mantan Guru Besar SK Panaitan, Kota Marudu )
B) Cikgu Madun Enjil ( Mantan Guru Besar SK Inderason, Kudat )
C) Cikgu Jepinis Bt Anak ( Mantan Guru Besar SK Dudar, Kudat )
D) Cikgu Awang Asai @ Mentoh ( Mantan Guru Besar SK Papar)
SK Langkon merupakan sekolah aliran Melayu yang kedua ditubuhkan di Daerah Kota Marudu selepas penubuhan SK Pekan Kota Marudu, SK Tigaman dan SK Bengkongan.
Pada tahun 1963, tapak baru sekolah telah diserahkan oleh Pihak Pengurusan Langkon Estate kepada Kerajaan Borneo berukuran lebih kurang 7 ekar dan menempatkan 1 bangunan sekolah, sebuah rumah guru. Bangunan sekolah tersebut beratap zink, lantai papan dan dinding nipah ( kajang ). Bangunan panggung wayang masih digunakan untuk menempatkan pelajar tahun 6. Bangunan baru tersebut dirasmikan oleh OKK Awang Ali ( Ketua Anak Negeri Bahagian Bandau ) dan dinamakan dengan Sekolah Kebangsaan Langkon manakala Guru Besar pertama pada masa itu adalah Cikgu Salleh Bin Matusin. Terdapat 5 orang guru yang bertugas di SK Langkon pada masa tersebut.
Tahun 1970, Manager Langkon Estate telah menjual ladang getah tersebut kepada 2 orang tauke berbangsa Cina iaitu Mr. Wong Thiam Jin dan Mr. Ah Lok Thiam.
Tahun 1976, Apabila Kerajaan Berjaya pimpinan Datuk Haris Salleh memenangi pilihanraya, pokok getah telah digantikan oleh tanaman ubi kayu dan tahun 1980 Ladang Langkon telah diambilalih oleh LKTNS dan tanaman ubi kayu telah digantikan dengan tanaman kelapa sawit.
Pada masa kini, SK Langkon mempunyai sebuah bangunan pentadbiran, bangunan Pusat Sumber, 3 buah bangunan sekolah, sebuah bangunan prasekolah, 5 unit rumah guru dan sebuah bangunan makmal komputer ( dalam proses pembinaan ) dan berkongsi bangunan dengan SMK Langkon, Kota Marudu.
